1)    Trung tâm Quy hoạch Phát triển:
    Là đơn vị được thành lập mới trên cơ sở đổi mới tổ chức khoa học và công nghệ của Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Vùng thành Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng.
    Mô hình hoạt động:
    Là tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng được mở tài khoản tại Kho bạc và Ngân hàng Nhà nước; trụ sở chính đặt tại thành phố Hà Nội.
    Cơ cấu, tổ chức:
    - Lãnh đạo Trung tâm: Giám đốc và 01 Phó Giám đốc và 10 cán bộ, nhân viên.
    - Phòng hành chính.
    - Các phòng chức năng
    - Phòng Quy hoạch.
    - Phòng Công nghệ địa chính và GIS.
    - Phòng Tư vấn và chuyển giao công nghệ.

    Chức năng: Tư vấn lập quy hoạch phát triển khoa học và công nghệ; quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội; quy hoạch phát triển các ngành, lĩnh vực và quy hoạch phát triển các sản phẩm chủ lực cho các vùng, lãnh thổ; 
    Nhiệm vụ:
    - Đo vẽ trắc địa và xây dựng bản đồ địa chính.
    - Quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội các tỉnh, huyện và vùng lãnh thổ;
    - Quy hoạch xây dựng nông thôn mới;
    - Quy hoạch phát triển khoa học và công nghệ các tỉnh và vùng lãnh thổ;
    - Quy hoạch phát triển các ngành và lĩnh vực khác;
    - Quy hoạch phát triển các sản phẩm chủ lực;
    - Quy hoạch khai thác tiềm năng;
    - Quy hoạch, triển khai, cung ứng nguyên vật liệu, trang thiết bị công nghệ, kỹ thuật cho xây dựng nông thôn mới;
    - Thực hiện các nhiệm vụ khác do Viện trưởng giao.

2)    Trung tâm Thử nghiệm và Ươm tạo Công nghệ
    Là đơn vị được thành lập mới trên cơ sở đổi mới tổ chức khoa học và công nghệ của Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Vùng thành Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng.
    Mô hình hoạt động:
    Là tổ chức khoa học và công nghệ công lập trực thuộc Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Vùng có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng được mở tài khoản tại Kho bạc và Ngân hàng Nhà nước; trụ sở chính đặt tại xã Thạch Quảng huyện Thạch Thành tỉnh Thanh Hóa.
    Cơ cấu, tổ chức:

Cơ cấu, tổ chức:
- Lãnh đạo Trung tâm: Giám đốc và 01 - 02 Phó Giám đốc.
- Khối hành chính: Văn phòng trung tâm.
- Khối phòng ban chức năng:
- Phòng Đào tạo và chuyển giao công nghệ.
- Phòng Nghiên cứu và ươm tạo công nghệ
- Phòng Kiểm định chất lượng sản phẩm
- Phòng Phát triển thị trường và dịch vụ
- Phòng Sản xuất, kinh doanh và ươm tạo Doanh nghiệp KH&CN. 

Chức năng:
- Ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khoa học công nghệ cho vùng.
- Tư vấn và chuyển giao công nghệ;
- Dẫn dắt, hỗ trợ phát triển các cơ sở khoa học công nghệ, hỗ trợ phát triển các sản phẩm chủ lực của vùng;
- Phân tích, đánh giá và kiểm định và công nhận chất lượng sản phẩm.
- Đào tạo lại cho cán bộ kỹ thuật và đào tạo nông dân;
- Sản xuất, kinh doanh xuất, nhập khẩu và phát triển các sản phẩm khoa  học, công nghệ theo quy định của Nhà nước.

Nhiệm vụ:
- Ươm tạo công nghệ và ươm tạo doanh nghiệp khoa học, công nghệ
- Liên danh, liên kết với các tổ chức khoa học công nghệ trong và ngoài nước thu thập, thử nghiệm, đánh giá, hoàn thiện và lựa chọn công nghệ thích hợp để chuyển giao vào thực tiễn sản xuất trong vùng và nơi có điều kiện tương tự;
- Ươm tạo doanh nghiệp khoa học, công nghệ: Hình thành các nhóm kinh doanh các sản phẩm khoa học, công nghệ, tạo điều kiện hình thành doanh nghiệp khoa học, công nghệ trong vùng.
- Định hướng nghiên cứu, tìm kiếm công nghệ: 
- Xác định nhu cầu, định hướng, đặt hàng các tổ chức khoa học - công nghệ, nghiên cứu, tìm kiếm công nghệ phục vụ cho phát triển kinh tế xã hội của vùng;
- Tổ chức nghiên cứu, xác định các giải pháp khoa học, công nghệ phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế xã hội của vùng.
- Hỗ trợ phát triển các cơ sở khoa học, hỗ trợ phát triển các sản phẩm chủ lực của vùng và địa phương trong vùng:
- Hỗ trợ nghiên cứu, chuyển giao công nghệ, phát triển sản xuất, thị trường tiêu thụ cho một số sản phẩm chủ lực của vùng.
- Xây dựng thương hiệu, công nhận xuất sứ hàng hóa cho các sản phẩm chủ lực của vùng
- Xây dựng các mô hình trình diễn khoa học, công nghệ:  
- Mô hình nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao;
- Mô hình phát triển sản phẩm chủ lực (Năng suất cao, chất lượng tốt, hiệu quả cao);
- Mô hình phát triển sản phẩm nông nghiệp hàng hoá.
- Mô hình phát triển bền vững.
- Tổ chức chuyển giao các tiến bộ kỹ thuật cho các địa phương.
- Chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực môi trường và biến đổi khí hậu.
- Chuyển giao công nghệ trong sản xuất Nông nghệp và Phát triển Nông thôn.
- Tổ chức đánh giá, kiểm định và công nhận chất lượng sản phẩm    
- Tổ chức đánh giá, kiểm định các sản phẩm trước khi đưa ra thị trường.
- Cấp giấy chứng nhận đạt chuẩn cho các sản phẩm.
- Đào tạo, tập huấn, tổ chức các hội nghị, hội thảo khoa học công nghệ
- Đào tạo nông dân, tập huấn kỹ thuật cho người sản xuất
- Đào tạo lại cho các cán bộ kỹ thuật sau nhiều năm công tác ở địa phương bổ sung kiến thức về quản lý khoa học, công nghệ, cập nhật tiến bộ kỹ thuật, quy trình công nghệ tiên tiến.
- Tổ chức hội nghị đầu bờ, hội thảo khoa học, công nghệ qui mô vùng.
- Kinh doanh, dịch vụ các sản phẩm khoa học, công nghệ
- Dịch vụ khoa học - công nghệ, liên doanh, liên kết sản xuất, kinh doanh các sản phẩm khoa học - công nghệ trong và ngoài nước.
- Tổ chức kinh doanh xuất, nhập khẩu và phát triển các sản phẩm khoa học, công nghệ theo quy định của Nhà nước.