1)    Phòng Nghiên cứu Phát triển
    Chức năng: Tổ chức các hoạt động nghiên cứu phục vụ phát triển kinh tế - xã hội các vùng lãnh thổ.
    Nhiệm vụ:
    - Nghiên cứu cơ sở khoa học phục vụ phát triển bền vững kinh tế - xã hội các vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu phát triển khoa học và công nghệ các vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu chuyển đổi cơ cấu kinh tế vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu quản lý bền vững tài nguyên các vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu, tiếp nhận, hoàn thiện và chuyển giao các tiến bộ khoa học và công nghệ mới;
    - Nghiên cứu phát triển nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, phát triển sản xuất theo hướng hàng hóa cho các vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu lợi thế so sách và phát triển các sản phẩm đặc sản, bản địa, chủ lực cho các vùng lãnh thổ;
    - Nghiên cứu hỗ trợ doanh nghiệp đổi mới công nghệ và chuyển giao công nghệ mới vào sản xuất;
    - Các hoạt động nghiên cứu, triển khai khác.

2)    Phòng Công nghệ sinh học nông nghiệp
    Chức năng: tổ chức các hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ sinh học nông nghiệp.
    Nhiệm vụ:
    - Nghiên cứu phát triển công nghệ sinh học trong sản xuất nông nghiệp;
    - Nghiên cứu ứng dụng các công nghệ sinh học tiên tiến, hiện đại vào sản xuất nông nghiệp;
    - Nghiên cứu sản xuất các chế phẩm sinh học, sản phẩm nông nghiệp công nghệ cao;
    - Nghiên cứu và phát triển các nguồn gen cây trồng, vật nuôi bản địa có giá trị kinh tế. 
    - Các hoạt động nghiên cứu khác.

3)    Phòng Công nghệ môi trường và biến đổi khí hậu
    Chức năng: tổ chức các hoạt động nghiên cứu khoa học và công nghệ trong lĩnh vực môi trường và biến đổi khí hậu
    Nhiệm vụ:
    - Nghiên cứu các giải pháp khoa học và công nghệ bảo vệ môi trường và biến đổi khí hậu;
    - Nghiên cứu các giải pháp khoa học và công nghệ giảm thiểu và thích ứng biến đổi khí hậu;
    - Phân tích, quan trắc, tư vấn lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, đề án bảo vệ môi trường, lập bản cam kết bảo vệ môi trường, tư vấn lập hồ sơ xin cấp phép trong lĩnh vực môi trường;
    - Nghiên cứu hoàn thiện công nghệ, phát triển các sản phẩm thân thiện môi trường;
    - Các hoạt động nghiên cứu khác.

4)    Phòng Dự án và chuyển giao công nghệ
    Chức năng: tổ chức các hoạt động ứng dụng, chuyển giao tiến bộ khoa học và công nghệ vào sản xuất và đời sống.
    Nhiệm vụ:
    - Tư vấn, triển khai các dự án phát triển kinh tế - xã hội, khoa học và công nghệ;
    - Tổ chức ứng dụng và áp dụng các thành tựu khoa học và công nghệ vào các lĩnh vực sản xuất đời sống;
    - Tổ chức thực hiện các dự án sản xuất thử nghiệm, chuyển giao và nhân rộng các kết quả nghiên cứu khoa học;
    - Các hoạt động nghiên cứu triển khai khác.

5)    Phòng Thử nghiệm công nghệ và Đánh giá sản phẩm
    Chức năng: phục vụ công tác thí nghiệm - thực hành theo chức năng và nhiệm vụ của Viện.
    Nhiệm vụ:
    - Tổ chức và thực hiện nội dung thí nghiệm phục vụ các hoạt động nghiên cứu của Viện.
    - Tổ chức thực hiện các dịch vụ phân tích các chỉ tiêu về lý tính của đất, thành phần hoá học của đất, nước, không khí, các loại phân bón, chất lượng nông sản v.v…
    - Tư vấn phân tích, đánh giá chất lượng nguyên vật liệu, sản phẩm; thực hiện bảo trì, hiệu chuẩn thiết bị phân tích; xây dựng phòng thí nghiệm sinh hóa…
    - Tư vấn xây dựng phòng thí nghiệm theo hệ thống chất lượng đạt tiêu chuẩn ISO;
    - Tham gia đào tạo và thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ và Viện trưởng giao.